La Casa de Refugio “Matilde” nace en junio de 1990 para atender el problema de la violencia contra las mujeres. Fue gracias al resultado de la demanda de las organizaciones e instituciones de mujeres que se hizo posible a través de un convenio entre el Ministerio de Bienestar Social y el Centro Ecuatoriano de Acción y Promoción de la Mujer, CEPAM.
Como parte de un proceso de reestructuración del CEPAM, se independizó adquiriendo su personería jurídica en junio del 2000, y tomando el nombre de Fundación Casa de Refugio Matilde en homenaje a una de las pioneras en la defensa de los derechos de las mujeres ecuatorianas, la lojana Dra. Matilde Hidalgo Navarro de Prócel.
Desde 1990, la Fundación ha cumplido con los objetivos para los cuales fue creada y amplió su radio de acción e incidencia local y nacional.